Εκτός από τις σχολές ιστιοπλοΐας, ο ΝΑΟΕΦΚ δημιούργησε και καταδυτικό τμήμα, που παρέχει τη δυνατότητα εκπαίδευσης και απόκτησης πτυχίου στην αυτόνομη κατάδυση.
Η εκπαίδευση γίνεται σε συνεργασία με το Νίκο Τζανουδάκη, πολύ έμπειρο δύτη και εκπαιδευτή καταδύσεων, με διεθνείς πιστοποιήσεις και επί χρόνια συνεργάτη της ΕΟΥΔΑΑ.
Η εκπαίδευση περιλαμβάνει 4-5 θεωρητικά μαθήματα και 6 πρακτικά μέσα στο νερό, και καταλήγει σε επίσημη πιστοποίηση (δίπλωμα).
Η συμμετοχή στη σχολή γίνεται σε προνομιακές τιμές.